Le secrétariat général du BNA & FNG est responsable de l'administration des deux associations. Son team offre ses services aux membres, aux compagnies de règlement des sinistres, au comité de direction ainsi qu’aux commissions de la direction. Il gère en outre les finances et les investissements.
La fonction principale du secrétariat général consiste à rendre des renseignements concernant l'immatriculation et la couverture d'assurance de véhicules impliqués dans des accidents sur la base du registre automatisé des véhicules et des détenteurs/trices de véhicules de la Confédération à des tiers autorisés, la vérification de couverture, le traitement des réclamations et la mise en oeuvre de recours. Par ailleurs, il fait fonctionner les organismes d'information et d'indemnisation, accomplit le contrôle des sinistres, représente le BNA & FNG dans les comités nationaux et internationaux et émet des directives concernant la Carte internationale d'assurance (anciennement Carte verte).